当神社は往昔の御創建ながら、寛成五年(1793)の火災により古文書、古記録等を焼失した為に詳らかではありません。 しかし、翌年9月秋分の日に御社殿は再建され、故にこの日を当社の大祭日と定め、現在も賑やかなお祭りが執り行われています。
当時は仏宝山無量寺の境内に祀られ、「江戸名所図絵」には無量寺の高台（現・古河庭園内）に「七つの社」として描かれています。 明治時代になり、元年(1868)に神仏分離が行われ翌2年に一本杉神明宮の現在地に御遷座になり西ヶ原・栄町の総鎮守として奉祀されるに至りました。
また、「新編武蔵風土記稿」には、「西ヶ原村七所明神社、村の鎮守とす紀伊国高野山四社明神をおうつし祀り、伊勢・春日・八幡の三座を合祀す故に七所明神と号す。末社に天神・稲荷あり云々」と記してあります。
さらに、この境内から隣地にかけての一郭は七社神社裏貝塚として知られ、縄文式土器・弥生式土器・土師器（はじき）等が発見され古代人の生活の場であった事がうかがわれます。
